In der seit Anfang 2003 geltenden Neufassung der VOB wurden die Gewährleistungsfristen verdoppelt: für Bauwerke auf vier Jahre, für Arbeiten an einem Grundstück und für feuerberührte Teile auf zwei Jahre. Für maschinelle, elektrotechnische oder elektronische Anlagenteile, deren Sicherheit und Funktionsfähigkeit von ihrer Wartung abhängt, wird die vierjährige Gewährleistung auf zwei Jahre verkürzt, wenn der Auftragnehmer nicht auch den Auftrag zur Wartung erhält (Beispiel: Wasserenthärtungsanlage).
Mit der Verlängerung der Gewährleistungsfristen wird die VOB auch für den Verbraucher eine interessante Alternative zu den Regelungen des Bürgerlichen Gesetzbuches (BGB). Zwar ist die Gewährleistung für Bauwerke im BGB mit fünf Jahren immer noch um ein Jahr länger. Doch bei Arbeiten an einem Grundstück und sonstigen Werkleistungen ist sie jetzt mit zwei Jahren in VOB und BGB gleich lang.
In anderen Detailpunkten weicht die Rechtsstellung des Auftraggebers im VOBVertrag von der gesetzlichen Regelung ab, wobei sich die VOB insgesamt um Ausgewogenheit bemüht. Das bedeutet, dass die Abweichungen bald für die eine, bald für die andere Vertragspartei günstiger sein können. Da der Auftraggeber bei Vertragsschluss noch nicht weiß, wo es später Ärger geben wird, lässt sich meist erst im Nachhinein sagen, ob ein Vertrag nach VOB oder nach BGB für ihn günstiger gewesen wäre.
Ein wichtiger Unterschied ist aber zu beachten: Während das BGB automatisch gilt, solange nicht ausdrücklich eine davon abweichende, zulässige Regelung vereinbart wird, gilt ein VOB-Vertrag nur, wenn er wirksam vereinbart wurde. Dazu muss der Kunde vor Vertragsabschluss die Möglichkeit gehabt haben, den umfangreichen Text der VOB zur Kenntnis zu nehmen. Außerdem muss die VOB als Ganzes vereinbart werden: Eine Vertragspartei darf sich nicht die für sie günstigen Rosinen herauspicken. Zulässig ist es jedoch, eine längere Gewährleistungsfrist als vier Jahre zu vereinbaren. Angemessen wäre dies bei teuren und auf jahrzehntelange Nutzung ausgelegten Bauteilen, deren Mängel regelmäßig nicht schon in den ersten vier Jahren in Erscheinung treten, beispielsweise bei einer Kellerabdichtung.