Ein Holzbackofen wird in der Regel im Außenbereich oder in einem "Backhaus" aufgestellt.
Selbstgemauerte Holzbacköfen werden aus statischen Gründen mit einem Gewölbe gebaut. Durch die unterschiedlichen Höhen im Backraum verteilt sich die Hitze ungleichmäßig, was sich nachteilig auf das Backen auswirkt. Durch neue Techniken kann auf ein Gewölbe verzichtet werden. Hier werden die Schamotteplatten werden mit hohem Pressdruck hergestellt und ermöglichen große Spannweiten. Im gesamten Backraum ist der Deckenabstand exakt gleich. Die Strahlungswärme wirkt gleichmäßig auf das Backgut (Brotlaibe, Brötchen, Brezel, Pizzen, Spanferkel, Grillspezialitäten, Braten, Aufläufe). An jeder Stelle im Ofen wird ein identisches Backergebnis erzielt und das Backgut muss nicht während des Backvorgangs versetzt werden.
Der Holzbackofen kann mit allen unbehandelten Hölzern (wie in Kaminöfen) aufgeheizt werden. Empfehlenswert ist Fichten-, Tannen- und Kiefernholz, da durch das Harz ein besonderes Aroma und eine weiche Flamme entsteht. Es können aber auch Reisig, Reb- und Baumhölzer verwendet werden. So hat z. B. Buchenholz hat den Vorteil, dass es weniger raucht. Der Holzbedarf ist von der Ofengröße abhängig. Hier sollten immer die Angaben in den Bedienungsanleitungen beachtet werden. Für eine langanhaltende Hitze beträgt die Aufheizzeit ca. 2 bis 2,5 Stunden.
Die Verbrennung wird über einen Zugregler und die Backtemperatur (190 bis 370 °C) durch ein Bimetall-Zeigerthermometer überwacht. Die Asche bzw. die Glut wird vor dem Eingeben des Backgutes aus dem Backraum entnommen (bei Fleisch kann auch ein Teil der Glut im Backraum bleiben). Die dichtichtschließende Rauchgasklappe wird geschlossen, damit die Wärme länger gehalten werden kann.
Die Schornstein- bzw. Rauchrohrhöhe sollte mit dem Schornsteinfeger (und den Nachbarn) abgestimmt werden.