Versickerndes Regenwasser sammelt sich nach dem Durchdringen durch mehrerer Bodenschichten auf einer wasserhaltenden Schicht. Sauerstoff, der im Regenwasser enthalten ist, wandelt sich aufgrund chemischer Prozesse zu Kohlendioxid um. Dieses reagiert mit dem bereits vorhandenem Grundwasser. Dadurch entsteht Kohlensäure, die zwei Bodenelemente (wasserlösliches Eisen und Mangan [gelöste Eisen- [Fe2+] oder Manganionen [Mn2+]) löst. Bei erneutem Sauerstoffnachschub durch nachsickerndem Regenwasser oxidieren diese beiden Elemente und flocken aus. Auch durch eine sehr intensive Nutzung eines Brunnens kann Sauerstoff durch schnell und viel fließendes Wasser "eingespült" werden. Die in der Regel braun gefärbten Ausflockungen setzen sich an den Filterrändern, Schlitzen und im fortgeschrittenen Stadium auch an den Filterkiessteinen fest. Wenn hier das Brunnenwasser zur Nutzung einer Wasser-Wasser-Wärmepumpe genutzt wird, dann setzen die Ausflockungen den Verdampfer der Wärmepumpe zu. Hier ist dann eine Systemtrennung mit einem Zwischen- bzw. Trennwärmetauscher notwendig.
Ein erhöhtes Eisenvorkommen im Boden oder einer Brunnenbewehrung beschleunigt das Verockern.
Eine Verockerung ist die Ablagerung von sich schwerlösenden Eisen- und Manganverbindungen aus dem Wasser. Es gibt chemische und biologische Reaktionen. Bei der chemischen Verockerung oxidieren zweiwertige Eisen- und Manganionen (gelöste Eisen- [Fe2+] oder Manganionen [Mn2+]) durch den im Wasser vorhandenen Sauerstoff zu drei- und vierwertigen Eisen- oder Manganverbindungen. Bei biologischen Verockerungen (bakterielle Fällung von Eisen/Mangan) führt die Lebenstätigkeit von Eisen- und Manganbakterien zu den leistungsmindernden Verockerungen (Biofilmbildung). Da diese biologischen Prozesse nicht durch die Ausbaumaterialien beeinflussbar sind, handelt es sich bei dieser Form um die häufigste Art einer Brunnenalterung oder einer Dichtsetzung von Wärmetauschern.