Einige Bakterienarten sind in der Lage, eine Schleimschicht (extrazelluläre polymere Substanzen, EPS) zu bilden, mit der sie sich an Oberflächen heften. Diese Schicht bildet das Grundgerüst der Biofilme. Das wachsende Gebilde erleichtert anderen Mikroorganismen schließlich die Ansiedelung. Dabei kommt es zur seitlichen Ausdehnung der Biofilme und zum Aufbau dreidimensionaler Gebilde aus mehreren Schichten. Der Biofilm breitet sich aus. Das Gebilde (extrazelluläre Matrix) bietet u. a. Schutz vor chemischen und thermischen Desinfektionsmaßnahmen. Das macht es nahezu unmöglich, einen einmal gebildeten Biofilm vollständig zu entfernen. In bestimmten Bereichen (z. B. Wasserleitungen) kann sich Biofilm bereits nach wenigen Tagen bilden, auch wenn das Wasser von einer hohen Qualität ist.
Biofilme sind die Grundlage für die Vermehrung von Legionellen.
Die im Biofilm von Trinkwasserleitungen lebenden Mikroorganismen können durch das Leitungswasser auch auf den Menschen übergehen und sind für eine Vielzahl von Infektionen verantwortlich. Ein Beispiel sind Legionellen, die in Biofilmen wachsen und durch Aerosole (kleinste Wassertröpfchen) in der Luft (z. B. beim Duschen oder durch Raumluftbefeucher) eingeatmet werden.
Die Trinkwasserqualität bis zum Hausanschluss streng überwacht und muss den Vorgaben der Trinkwasserverordnung entsprechen. Ab dem Übergabepunkt ist jedoch der Hauseigentümer für die Qualität des Wassers zuständig .(TrinkwV - Abschnitt 6 - Untersuchungspflichten des Betreibers) Daraus ergibt die Überwachung der Grenzwerte laut Trinkwasserverordnung innerhalb der Hausinstallation. Biofilme in Ihren Leitungen führen in der Regel zu einer beachtlichen Überschreitung der Grenzwerte mikrobakterieller Parameter der Gesamtkeimzahl und damit verbunden zu einem Gesundheitsrisiko.
Die mikrobakterielle Belastungen (Keimbelastung) des Trinkwassers lässt sich frühzeitig mit entsprechenden Wassertests zuverlässig feststellen. Geschmacks- und Geruchsproben sind nur sehr beschränkt aussagekräftig. Neben der Prüfung mikrobakterieller Parameter ist auch eine Beprobung und Analyse auf Schwermetalle, Mineralstoffe und die genaue Bestimmung der Wasserhärte sinnvoll.
Wenn sich ein Biofilm in der Leitung gebildet hat, reicht eine Spülung zur Entfernung in der Regel nicht aus. Der Biofilm wird dabei nicht zerstört und entlässt kurze Zeit nach der Spülung erneut Bakterien in die Rohre, was zu einer raschen neuerlichen Belastung führt. Mehr noch, eine Spülung kann zur Verdichtung des Biofilms und damit zu einer erhöhten Resistenz gegenüber Reinigungsmaßnahmen führen.
Zur vollständigen Entfernung ist es meistens notwendig, ein Fachunternehmen zu Rate zu ziehen.
Eine bewährte Methode zur Beseitigung von Biofilmen in Leitungen ist zum Beispiel die Wasserentkeimung ("Vollmetallkatalysatoren") in Verbindung mit geringem Einsatz an Wasserstoffperoxid. Auch der Einsatz von Chlordioxid führt zu einem guten Abbau der Biofilme. Durch chemische Reinigungen wird der Biofilm selbst angegriffen und im Verlauf der Maßnahme entfernt. Anschließend wird, um einer erneuten Vermehrung der Mikroorganismen vorzubeugen, die Leitung desinfiziert. Wenn alle Maßnahmen nicht ausreichen, müssen die befallenen Rohrleitungen erneuert werden